Действия разворачиваются через 12 тысяч лет после событий первого сезона «Аквариона». Мир, в котором живут герои, кардинально отличается от нашего. Новые герои, новый Акварион, и сама история теперь может быть понята и оценены без знания предыдущих событий. Мир Акварии постоянно подвергается нападениям из другого измерения, где враги наносят непоправимый ущерб и похищают людей. В этом хаосе живет Амата Сора, обычный парень с необычными способностями, которые, к сожалению, приносили ему лишь неприятности с самого детства. Он давно считает себя бесполезным и неудачливым, но его сердце все еще трепещет при мысли о легендарном Акварионе.

Амата вырос, слушая легенды о могущественном роботе, способном изменить судьбу мира. Однако, с годами интерес к этим историям угас, и Амата потерял всякую надежду на то, что когда-либо сможет что-то изменить. Его жизнь кажется бесцельной и бессмысленной, пока однажды он не оказывается втянут в события, которые могут изменить не только его судьбу, но и судьбу всего мира. Внезапно, его давние мечты о Акварионе приобретают реальные очертания, и он понимает, что его способности могут стать ключом к спасению.

В этом новом мире, где опасность подстерегает на каждом шагу, Амата должен научиться управлять своими силами и стать настоящим героем. Его путь будет полон испытаний и трудностей, но он готов бросить вызов судьбе и доказать, что даже самый обычный человек может стать героем. Вместе с новыми друзьями и верными союзниками, Амата отправится в путешествие, которое изменит его жизнь навсегда. И, возможно, именно он станет тем, кто спасет мир от надвигающейся угрозы.