Когда враги Земли были окончательно побеждены, капитан Харлок, известный космический пират, решает оставить свою команду и отправиться в одиночное путешествие по бескрайним просторам Вселенной. Однако его уединение длилось недолго. В глубинах космоса он сталкивается с новым, ещё более опасным противником, который оказывается слишком сильным для одного человека. Этот враг — древняя и зловещая раса, известняя как «ну», которая когда-то правила Вселенной, наводя на неё страх и хаос.

Профессор Дайба, известный учёный, во время одной из своих археологических экспедиций случайно пробуждает эту древнюю расу. Пять лет спустя «ну» возвращаются, набрав былую мощь и жаждущих вернуть мир к первоначальному хаосу. Их коварный план уже начинает реализовываться, и Земле грозит новая катастрофа. В этот момент капитан Харлок понимает, что не сможет справиться с угрозой в одиночку и решает вновь собрать свою команду.

Вместе со своими верными товарищами — Кэй Юки, доктором Зеро, первым помощником Яттараном и новым членом команды, сыном профессора Дайбы Тадаси, Харлок отправляется в опасное приключение. Их цель — остановить древнее зло, которое угрожает не только Земле, но и всей Вселенной. В этой битве старые друзья объединяются, чтобы защитить мир от новой угрозы и доказать, что даже в самые мрачные времена героев нельзя победить.