Действие аниме разворачивается на борту современного военного корабля Японии, известного как "Эгида". Однажды на судне обнаруживают тело военного, лишенного левой руки. Вскоре поступает тревожная информация: опасный агент под кодовым именем "X" проник на корабль, что ставит под угрозу безопасность всей страны. Однако, диверсант еще не знает, что его планам противостоит один из самых талантливых детективов в мире — юный Конан Эдогава.

Конан, известный своей невероятной интуицией и логическим мышлением, берётся за расследование. Он понимает, что за обнаруженным телом скрывается гораздо более сложная и опасная загадка. Юный сыщик начинает свою работу, собирая улики и опрашивая членов экипажа. Каждый шаг приближает его к разгадке, но также и к непредсказуемым опасностям, которые подстерегают на каждом повороте.

В процессе расследования Конан сталкивается с множеством препятствий и ложных тревог, но его решимость спасти корабль и его экипаж только крепнет. Он знает, что шпион "X" — не просто преступник, а мастер интриг, способный на самые безумные поступки. Но Конан готов к любой сложности, ведь он уже разгадывал запутанные загадки и спасал жизни не один раз. В этот раз его цель — не только поймать виновного, но и предотвратить катастрофу, которая угрожает всей Японии.