В мирные дни планеты Земля неожиданно появляются таинственные летательные аппараты, известные как «Дзай». Эти агрессивные машины способны легко уничтожить все существующие воздушные силы человечества. В ответ на эту угрозу, каждая страна начинает разработку специального оружия — «Дочери», управляемые автоматическими системами «анима», которые внешне напоминают обычных девушек.

Прошло уже несколько лет, как Дзай начали наступление на военные базы Восточной Азии. Главный герой истории, Кэй Нарутани, возвращался на корабле в Японию, когда их флот подвергся нападению вблизи Шанхая. В ходе бегства на спасательной шлюпке Кэй заметил красный истребитель, который атаковал вражеский аппарат. Однако, истребитель был подбит и рухнул в море. Решив помочь, Кэй обнаружил внутри не хрупкую девочку по имени Грипен, которая оказалась последней надеждой человечества.

Грипен, обладая уникальными способностями, становится ключевым элементом в противостоянии с Дзай. Кэй, оказавшись втянутым в эту битву, должен научиться управляться с «Дочерью» и защищать свою планету. Вместе они столкнутся с невероятными испытаниями, где каждый выбор может стать решающим в судьбе всего человечества. Так начинается их непростая миссия по спасению мира от неминуемой катастрофы.