В недалеком будущем мир окутан туманом тайн и неопределенности. Наука и технологии стремительно развиваются, но вместе с ними нарастает и опасность. Однажды, после непредсказуемого события, подобное падению "Скайфолла", на орбите Земли образовалась космическая колония. В один миг она разрушилась и рухнула на поверхность планеты, создав гигантский кратер, полный ужасающих мутантов, известных как кайдзю. Эти существа, возникшие в результате генных мутаций, представляли огромную угрозу для человечества, но истинные причины их появления оставались загадкой.

Рэю, молодой человек с уникальными способностями, однажды решает исследовать место катастрофы, не подозревая о существующей там опасности. Его цель — собрать оставшиеся семена жизни, но жизнь преподносит ему неожиданный сюрприз. В глубинах кратера он встречает девочку по имени Мил, чья судьба и происхождение окутаны тайной. Рэю не может точно определить, является ли она человеком или чем-то другим, но одно ясно — она связана с катастрофой, и её присутствие здесь не случайно.

Вместе с Мил Рэю отправляется в путешествие, чтобы раскрыть правду о том, что произошло. Каждый шаг приближает их к шокирующим открытиям, которые могут изменить судьбу всего человечества. Тайны, которые они раскрывают, уводят их в мир генной инженерии, космических тайн и древних пророчеств. Рэю понимает, что его встреча с Мил — не случайность, а часть большого плана, который может привести к непредсказуемым последствиям.