Аниме-адаптация первых трех эпизодов популярной ММОРПГ «Phantasy Star Online 2» раскрывает новые грани вселенной, вводя оригинальные сюжетные линии и персонажей. Действие разворачивается на планете Набериус, где группа выпускников элитного спецподразделения ARKS готовится к главному испытанию. Однако, вместо обычных тренировок, они сталкиваются с неожиданным нападением агрессивных инопланетных существ, известных как даркеры. Этот инцидент ставит под вопрос не только их подготовку, но и саму сущность миссии ARKS.

Главный герой, Эш, вместе со своим напарником Афином, вынуждены спасаться бегством в густых лесах Набериуса. Внезапно они натыкаются на девушку, лишенную памяти, и таинственного незнакомца, который, похоже, преследует её с намерением убить. Эти встречи заставляют Эша задуматься о тайнах, скрывающихся за повышенной активностью даркеров и их связи с этой загадочной девушкой. Вместе с Афином, он начинает свое собственное расследование, стремясь разгадать правду, которая может изменить их представления о миссии ARKS.

По мере продвижения сюжета, Эш и Афин сталкиваются с новыми опасностями и загадками, которые ставят под сомнение не только их собственные убеждения, но и цели, которые они преследуют. Встреча с девушкой без памяти и её таинственным преследователем открывает перед ними новые возможности и угрозы. В конечном итоге, Эш должен решить, насколько далеко он готов зайти, чтобы раскрыть правду о даркерах и ARKS, и какие жертвы он готов принести ради этого знания.