Сюжет аниме вращается вокруг Мотонага Кэйтаро и его истории. Действие разворачивается вокруг группы Избранных детей, чьи приключения раскрывают предысторию создания этого легендарного отряда. Среди них — Таичи Ягами, их лидер, чьи юношеские годы также становятся частью повествования. На момент событий ребятам 17 лет, и, как многие их сверстники, они проводят время в средней школе, где учатся, готовясь к поступлению в колледж. На первый взгляд, их жизнь кажется обычной, но за этой обыденностью скрывается невероятная история, которую мало кто знает.

Не так давно Таичи и его друзья спасли Цифровой мир от разрушительного зла, которое грозило уничтожить его. Теперь они продолжают жить обычной жизнью, но никогда не теряют бдительности, ведь их обязанность — следить за состоянием Цифрового мира. Однажды они узнают о новой, еще более опасной угрозе, которая грозит всему существованию этого мира. Этот враг гораздо сильнее и хитрее, чем все, с чем они сталкивались ранее. Таичи понимает, что для победы над ним потребуется нечто большее, чем их собственные силы.

В поисках помощи Таичи обращается к Дигимонам со всего мира: из Америки, России, Австралии, Франции и других стран. Он знает, что только объединившись, они смогут противостоять новому врагу. Хотя задача кажется невероятно сложной, Таичи верит, что если все Дигимоны откликнутся на его призыв и объединят свои усилия, они смогут остановить зло и снова спасти Цифровой мир. Таким образом, история становится не только о борьбе за выживание, но и о дружбе, отваге и единстве, которое может победить даже самые мрачные угрозы.