После завершения турнира «Священный Путь», Тэнма Мацуказу возвращается в среднюю школу Раймон. Однако, что-то здесь не так. Школа, которую он знал, кажется изменившейся до неузнаваемости, а его товарищи по команде больше не проявляют интереса к футболу. Тэнма чувствует себя как рыба, выброшенная на сушу, и не может понять, что случилось.

Вскоре Тэнма встречает Альфу, капитана команды «Протокол Омега». Альфа, обладая странным и загадочным поведением, раскрывает Тэнме шокирующую правду: они находятся в параллельном мире, где футбол объявлен вне закона. Альфа — участник секретного проекта, цель которого — предотвратить будущее, где футбол станет причиной глобальных катастроф. Тэнма понимает, что его миссия — вернуться в свой мир и спасти футбол от исчезновения.

Чтобы помочь Тэнме в его нелегком пути, фургончик команды, который был символом их дружбы и борьбы, преображается в летающую машину времени. Теперь Тэнма и Альфа, несмотря на свои разногласия, объединяют усилия, чтобы найти способ вернуться в мир, где футбол — это не просто игра, а часть их жизни. Вместе они отправляются в захватывающее путешествие, полностью меняющее их представления о футболе и о самих себе.