В центре сюжета аниме "Medaka Box" находится Мэдака Куроками, невероятно сильная и харизматичная девушка, возглавившая студенческий совет академии Хаконива. Её непоколебимая решимость и бесконечная энергия позволяют ей создать уникальный ящик для предложений, через который студенты могут обращаться за помощью в любое время суток. Вместе с верными товарищами — Зэнкичи, Коки и Моганой — Мэдака бросает вызов самым разнообразным проблемам, будь то мистические явления или обычные студенческие драмы.

Однако мир академии Хаконива оказывается не таким уж безопасным. Внезапно на сцену выходит таинственная организация «План Икс», целью которой является уничтожение Мэдаки. Лидер комитета общественной нравственности, Мёри Унзэн, становится первым противником, бросающим вызов невероятной силе и интеллекту Мэдаки. В то время как битва за власть разгорается, Мэдака также должна противостоять попыткам Хакамы Ширануй, председателя Хакама, контролировать её и учеников класса 13.

С каждым новым эпизодом история становится всё более запутанной и драматичной. Новые герои и враги появляются, добавляя сложности в жизнь Мэдаки и её друзей. Каждый из них имеет свои мотивы и цели, которые сталкиваются с идеалами Мэдаки о справедливости и равенстве. В этом хаосе Мэдака должна не только защищать академию, но и раскрывать тайны своего прошлого, чтобы найти ответы на вопросы, которые тревожат её душу.