«Yu-Gi-Oh!» — это история, окуная в древние тайны и современные дуэли. Действие начинается с того, что школьник Юги Муто находит «Головоломку тысячелетия» — древний артефакт, который когда-то был частью мистического ритуала в Древнем Египте. Этот артефакт, найденный его дедушкой, оказывается ключом к тайнам, скрытым за тысячелетиями. Когда Юги активирует его, он становится хозяином двух душ — своей собственной и души древнего фараона, чьи воспоминания были навсегда утеряны.

Фараон, известный как «Тёмный Юги», делит тело с Юги, но его прошлое остаётся загадкой. Вместе они начинают путь, чтобы раскрыть секреты, связанные с артефактами тысячелетия. Эти артефакты, подобные «Головоломке», принадлежали легендарным хранителям, которые когда-то служили фараону. Юги и его друзья сталкиваются с другими обладателями артефактов, каждый из которых имеет свои цели и секреты. В ходе этих встреч Юги участвует в карточных дуэлях, где его стратегия и сила сердца становятся ключом к победам.

По мере того как Юги и его товарищи продвигаются вперёд, они не только раскрывают древние тайны, но и сталкиваются с силами тьмы, которые стремятся использовать артефакты в своих целях. Фараон, чья душа теперь живёт в сознании Юги, постепенно начинает вспоминать фрагменты своего прошлого, что помогает им двигаться к разгадке. «Yu-Gi-Oh!» — это не просто история о карточных дуэлях, но и о дружбе, храбрости и стремлении понять себя и своё место в мире, где древние мифы переплетаются с современностью.