В Европе начали происходить необъяснимые события: целые города исчезали, уничтоженные могущественными драконами, о которых никто никогда не слышал. Среди них выделялись такие существа, как «Дракон Киберконца» и «Радужный Дракон». Эти ужасные происшествия кардинально изменили ход истории человечества, заставив мир столкнуться с новыми угрозами и тайнами.

Во время очередной дуэли на высокой скорости Юсэй Фудо сталкивается с таинственным незнакомцем, который крадёт его ценную карту — «Дракон Звёздной Пыли». Несмотря на все усилия, Юсэй не может остановить вора и в итоге оказывается в прошлом, где его ждёт встреча с Дзюдаем Юки. Эта встреча становится началом их совместного пути, наполненного опасностями и испытаниями.

Решив объединить силы, чтобы спасти мир, Юсэй и Дзюдай отправляются ещё дальше в прошлое, где их ждёт столкновение с легендарным королём дуэлей — Юги Муто. Вместе трое героев сталкиваются с настоящим испытанием: они должны не только вернуть похищенную карту, но и предотвратить катастрофу, которая грозит уничтожить всё человечество. Используя свои знания, веру в карты и доверие друг к другу, они идут на риск, чтобы изменить будущее.