После завершения турнира Vanguard High School Koshien, Коуджи Ибуки начинает видеть новые кошмары. Номэ Тацунаги призывает Суико в свой особняк, где они узнают, что Коуджи способен видеть Темную Башню под названием Санктуарий. Эта Башня вызывает искажения во времени, и единственный способ исправить их — это сначала исправить будущую ошибку Коуджи.

Теперь Коуджи и Суико должны отправиться в параллельный мир, чтобы наблюдать, как Магические Девочки Эми Сендоу и Шука призывают юнитов Vanguard, чтобы помочь исправить историю. К сожалению, две героини не могут оказать существенной помощи, так как карточная битва против настоящих монстров малоэффективна.

В этом путешествии по параллельным мирам Коуджи и Суико сталкиваются с неожиданными испытаниями и угрозами, которые ставят под сомнение их способности и решения. Они должны не только бороться с монстрами, но и разбираться в сложных временных парадоксах, чтобы спасти не только свой мир, но и все существующие реальности.