Тайо и Кей — это непростая пара, которая живет на огромном космическом корабле под названием Агга Рутер. Кей воспитывала Тайо с самого детства, и он относится к ней как к матери. Однако их связь далека от традиционных семейных уз. Кей обучает Тайо всему, что тот должен знать, включая темы, которые обычно остаются за пределами родительско-детских отношений. Их жизнь на Агга Рутере — это нечто большее, чем просто путешествие среди звезд.

Однажды их спокойная жизнь нарушается появлением очаровательной пиратки по имени Джэннис. Она захватывает корабль по приказу злодея Шиунка, но вскоре понимает, что попала в ловушку. Шиунк обманул ее, а ситуация на Агга Рутере выходит из-под контроля. Тайо и Кей превращают корабль в поле битвы, где происходят события, которые сложно даже вообразить. В этом хаосе Кей решает назначить Джэннис в качестве "помощника" для Тайо, что приводит к неожиданным последствиям.

Однако, чем дальше развиваются события, тем больше становится ясно, что не все так просто. Джэннис оказывается не совсем человеком, а Кей — это вовсе не женщина, как казалось сначала. Даже Агга Рутер — это не просто космический корабль. Все это создает атмосферу тайны и загадок, которые постепенно раскрываются по мере продвижения истории. Spaceship Agga Ruter — это не просто аниме о приключениях в космосе, но и история о сложных отношениях, секретах и неожиданных открытиях.