Прошло три года с момента окончания войны между жителями Джовии и Земли. Акито и Юрика официально считаются погибшими в результате крушения шаттла, случившегося спустя год после завершения конфликта. Тем временем, Рури Хосино, которая когда-то была юным членом экипажа, теперь сама стала командиром легендарного корабля Надэсико, продолжая нести службу в условиях мира.

Однако мир оказывается под угрозой, когда террористическая группировка «Наследники Марса», возглавляемая бывшим офицером Джовии, захватывает сеть бозоновых порталов. Эти порталы, созданные в рамках так называемого «Плана Хисаго», представляют собой мощное оружие, которое может изменить баланс сил в галактике. Если сеть попадет в неправильные руки, последствия могут быть катастрофическими.

Для расследования и предотвращения катастрофы старая команда Надэсико вновь объединяется. В этот раз их миссия становится еще сложнее, ведь в пути они сталкиваются с неожиданными союзниками и новыми угрозами. Каждый член экипажа понимает, что их действия могут решить судьбу не только Земли, но и всей галактики. Впереди их ждут испытания, которые проверят не только их навыки, но и веру в свои идеалы.