«Научный Рейлган: Акселератор» — это захватывающий спин-офф, посвященный самому могущественному эсперу Академия-Сити, Акселератору. В мире, где миллионы магов и эсперов сосуществуют в волшебном городе, лишь семеро достигли пятого уровня силы, и Аксель — один из них. История начинается с того, как он восстанавливает силы после тяжелого ранения, полученного при спасении девочки по имени «Последний заказ». Однако, будучи самым сильным, он не может просто отдохнуть. Враги не дремлют, и Акселератор снова оказывается втянут в опасную игру, на этот раз спасая таинственную девушку, у которой оказалось фото молодого клона Мисако.

Ситуация усложняется, когда выясняется, что похищение девушки Эстель Розенталь связано с зловещей организацией, именующей себя «Дисциплинарное Наказание». Эта группа считает себя носителями правосудия и видит в эсперах зло, которое необходимо искоренить. Для этого они используют уникальное оружие — мертвых магов, помещенных в роботизированные скафандры. Сообщество уже начало свою кампанию, и теперь спасти Академия-Сити может только самый сильный эспер, несмотря на его отрицание своей героической сути.

В этом спин-оффе зрители увидят, как Акселератор, несмотря на свою жестокость и цинизм, постепенно открывает в себе человечность и желание защищать невинных. Его путешествие показывает, что даже самый сильный может иметь слабости и что истинная сила заключается не только в могуществе, но и в способности защищать тех, кто не может защитить себя. «Научный Рейлган: Акселератор» — это не просто история о битвах и магии, но и о внутренней борьбе и самооткрытии.