Действие фильма разворачивается в 2185 году, когда лейтенант Джеймс Вега оказывается втянут в хаос, последовавший за уничтожением первой «Нормандии» и исчезновением капитана Шепарда. В системах Терминус начинают бесследно исчезать человеческие колонии, оставляя за собой лишь пустоту и страх. После провала миссии «Властелина» появляются новые, ещё более опасные враги, которые угрожают не только колонистам, но и всему человечеству.

Когда угроза приближается к колонии, которую Вега обязан защищать, ему приходится столкнуться с реальностью: подкрепления не придут. Лейтенант должен полагаться только на свои силы и на команду, которую собрал вокруг себя. Как и его герой, капитан Шепард, Вега понимает, что в этой войне нет места сомнениям и колебаниям. Каждое решение, каждый шаг могут стоить жизни, и иногда единственный выход — это идти на риск, даже если он кажется безумным.

В процессе борьбы за выживание и спасение своего дома, Джеймс Вега постигает цену каждого принятого им решения. Он понимает, что не всегда существует правильный выбор, а иногда приходится мириться с ошибками, которые могут изменить всю его жизнь. В этом хаосе и разрухе лейтенант находит в себе силы не только защищать, но и учиться, становясь тем, кем его застала эта война. И, возможно, именно эти уроки помогут ему в будущем, когда он вновь столкнется с неизведанным и опасным.