В 1967 году, после трагической гибели лунной экспедиции и захвата космического корабля инопланетными силами, Земля оказалась на грани катастрофы. Эти внеземные существа, известные как BETA (Beings of Extra Terrestrial origin), начали массированное вторжение с целью порабощения человечества. Многие страны пали под натиском захватчиков, но Япония, благодаря своему боевому духу и традициям самураев, сумела сохранить свою независимость. Среди тех, кто встал на защиту родины, была юная девушка Юи, последняя представительница древнего рода воинов.

Юи, обладая не только храбростью, но и глубокими знаниями о традициях своих предков, стала одним из ключевых бойцов в борьбе против BETA. Однако война не прошла бесследно для её души. В хаосе битв и страданий Юи пришлось пережить множество испытаний, которые трансформировали её характер. Тем не менее, в этом мрачном мире она нашла настоящего друга — Юе, человека, который стал для неё опорой и смыслом жизни.

Спустя три года после событий Muv-Luv Unlimited, главный герой Такеру просыпается в своей комнате, не понимая, где он находится. Все вокруг кажется ему приснившимся сном, но что-то не так. Он осознает, что его перенесло в прошлое, к событиям Unlimited. Не желая мириться с судьбой, предложенной Альтернативой V, Такеру решает помочь профессору Кодзуки завершить Альтернативу IV и спасти человечество. В предстоящем втором сезоне, который выйдет в октябре 2022 года, зрители увидят продолжение истории старых героев, чьи судьбы тесно переплелись с судьбой Земли.