Действие аниме разворачивается вокруг Кумаширо Маи, дочери бывшего директора Академии Валдштейн, и Фумиаки Учиды, путешественника во времени. В 2012 году Земля оказалась под властью инопланетян, и несколько агентов времени были отправлены в 1999 год с миссией найти и уничтожить таинственный объект, известный как Ключ Нострадамуса. Согласно пророчествам Нострадамуса, этот артефакт приведет к концу света.

В 1999 году Мая возвращается в Академию Валдштейн с намерением разрушить её, заняв пост директора. Однако её планы кардинально меняются после встречи с Фумиаки, который рассказывает ей о надвигающейся катастрофе. Несмотря на первоначальные сомнения, Мая решает присоединиться к Фумиаки в поисках Ключа Нострадамуса, чтобы предотвратить апокалипсис.

Вместе они отправляются в захватывающее путешествие по времени, сталкиваясь с различными препятствиями и тайнами прошлого. Мая постепенно начинает верить в историю Фумиаки, осознавая, что их совместная миссия может спасти мир. В процессе поисков они узнают больше о пророчествах Нострадамуса и о том, как именно Ключ может изменить ход истории.