Новая Вестроя спасена, и «Отчаянные бойцы» наконец-то могли расслабиться. Но покоя не было дано. Рен Кролер с планеты Гандэлия появился как гром среди ясного неба, предлагая «Отчаянным бойцам» вступить в его ряды. Рен убеждал, что ему нужна их помощь для защиты своей родной планеты от нифианцев. Дэн [空操弾馬] и его друзья, поверив в его слова, готовы были рискнуть всем ради новой битвы.

Однако, в самый разгар переговоров, на сцену выходит принцесса Фабия [ファビア・シーン] с планеты Нифия. Она раскрывает правду: настоящие враги «Отчаянных бойцов» — это не нифианцы, а гандэлианцы. Фабия утверждает, что именно Нифия нуждается в их защите. Рен, видя, что его планы рушатся, начинает «зомбировать» других бойцов бакуган, пытаясь заставить их следовать за собой. Дэн, Маручо [丸蔵兆治], Джейкоб [ジェイク・ヴァレリ], Шун [風見駿] и Фабия [ファビア・シーン] оказываются перед лицом двойного вызова.

Теперь им предстоит не только остановить Рена и его гандэлианцев, но и спасти Нифию от полного уничтожения. В то же время, Земля, родная планета «Отчаянных бойцов», также оказывается под угрозой. В этой схватке за судьбы двух планет, друзьям придется проявить всю свою храбрость и мужество. Каждый шаг, каждый бой становятся все более сложными, ведь ложь и правда переплетаются в неразрешимом клубочке. Кто же победит в этой битве — светлые умы или темные силы?