После разрушительной Третьей мировой войны Токио превратился в огромную заражённую зону, известную как «Чёрное Пятно». Эта территория была огорожена высокими стенами и отрезана от внешнего мира. Однако со временем на этой выжжённой земле начали проявляться первые признаки жизни. Среди тех, кто остался внутри «Чёрного Пятна», стали появляться необычные люди с невероятными способностями — они могли управлять огнём, воздухом, гравитацией и другими стихиями. Обычные люди, испуганные этими сверхъестественными силами, отвергли их и нарекли «Изгоями».

Действие аниме разворачивается в 2130 году, спустя примерно 50 лет после катастрофы. На фоне разрушений в центре «Чёрного Пятна» строится штаб-квартира фармацевтической корпорации Симеон, которая за короткое время стала одной из самых влиятельных организаций. На первый взгляд, компания занимается благотворительностью, но на самом деле она проводит жестокие эксперименты на людях, разрабатывает эликсиры молодости для богатых клиентов и даже организует охоту на Изгоев, уничтожая всех, кто осмеливается противостоять ей. Лидером Симеона является безжалостный Адам Арклайт, чья власть кажется непоколебимой.

Чтобы положить конец тирании Симеона, группа Сопротивления, насчитывающая четыре сотни человек, планирует убийство Адама Арклайта. Однако их план терпит крах, когда на них нападают Изгои из Элитной Четвёрки Симеона. Единственный выживший, молодой парень по имени Круз Шильд, чудом избегает смерти и встречает двух могущественных Изгоев — Адама Блейда и Еву Нойшванштайн. Вместе с их другом, профессором Гидо, они решают помочь Крузу в его борьбе против Симеона. Так начинается история о мести, предательстве и борьбе за свободу в разрушенном мире «Чёрного Пятна».