Прошло лишь несколько недель с тех пор, как Хибики [立花 響] одержала победу над Кэрол, но её мир снова рушится. На этот раз её враг — не чудовище, а что-то куда более обыденное и ужасное: летние домашние задания. Хибики изо всех сил пытается успеть до начала нового семестра, но судьба распоряжается иначе. Внезапно мир оказывается под угрозой новой, ещё более опасной угрозы.

Тем временем, Цубаса [風鳴 翼] и Мария [マリア･カデンツァヴナ･イブ] продолжают расследование Александрийского инцидента. Их поиски приводят к Баварским Иллюминатам — таинственной организации, стоявшей за Кэрол и инцидентом Фронтира. Две героини отправляются в разрушенную войной южноамериканскую республику Вальверде, где их ждёт встреча с чем-то, что способно пошатнуть саму основу их мировоззрения.

В Вальверде носители «Мехасимфоний» сталкиваются с невиданной доселе силой, способной не только противостоять, но и одолеть самого Бога. Эта сила, скрывающаяся в тенях, бросает вызов не только их способностям, но и их вере. Хибики, Цубаса и Мария должны объединить усилия, чтобы противостоять этой новой угрозе, которая угрожает не только их миру, но и всему человечеству.