Действие аниме разворачивается в двух временных линиях, каждая из которых раскрывает отдельные аспекты сложной истории. Первая ветка повествует о событиях, связанных с городком Нибельхайм, где пересекаются судьбы таких персонажей, как Зак, Клауд, Тифа и Сефирот. Здесь раскрываются их взаимоотношения, борьба за справедливость и тайны, скрытые в сердце этого маленького городка.

Вторая часть сюжета переносит зрителя в более поздний период, где главные герои оказываются втянуты в опасную игру мегакорпорации «Shinra Inc.». Зак и Клауд, преследуемые своими прошлыми и настоящими обременениями, пытаются сбежать из секретной лаборатории, где их судьбы переплетаются с экспериментами, которые могут изменить мир. Эта часть показывает, как их дружба и решимость помогают им противостоять невзгодам.

Каждая из временных линий не только раскрывает персонажей с новой стороны, но и создает атмосферу напряженности и интриги. Сюжет переплетается с элементами научной фантастики, фэнтези и драмы, что делает его по-настоящему захватывающим. Аниме заставляет зрителей задуматься о ценности дружбы, жертве и борьбе за свободу, оставляя неизгладимое впечатление.