Почти на каждой планете во Вселенной, включая Землю, люди устали от тирании Механизированной Империи и подняли восстание. Тэцуро Хосино уже долгие годы сражается на стороне людей, но война складывается неудачно. Он чувствует себя одиноким и подавленным, но вдруг его жизнь кардинально меняется. На Землю прибывает легендарный Галактический экспресс 999, который становится символом надежды для всех, кто мечтает о свободе.

Спустя некоторое время Тэцуро получает сообщение от Мэйтел, которая призывает его отправиться на 999-й. Это послание вдохновляет его и дает силы продолжить борьбу. С боем прорываясь через вражеские линии, он добирается до станции и встает на борт поезда. Это путешествие становится для него новым этапом в жизни, полным опасностей, тайн и открытий.

Галактический экспресс 999 становится не просто средством передвижения, а символом борьбы за свободу и справедливость. Тэцуро понимает, что его миссия не ограничивается лишь Землей. Он отправляется в дальние уголки Вселенной, чтобы разгадать тайны Механизированной Империи и найти способ положить конец её тирании. Это путешествие становится для него не только борьбой, но и поиском себя, своих истинных желаний и целей.