В январе 2118 года Аканэ Цунэмори, главный инспектор Бюро общественной безопасности, получает тревожное сообщение о происшествии на иностранном судне. Вместе с Ацуси Синдо, руководителем отдела статистики Министерства здравоохранения и социального обеспечения, они спешат на место события. Однако неожиданно расследование передается Исполнительному отделу бюро по координации действий за рубежом Министерства иностранных дел. На корабле обнаружена мертвой доктор Милиция Стронская, приглашенная Ацуси на встречу. За этим инцидентом стоит организация "Нарушители мира", которую Исполнительный отдел преследовал долгое время.

Первый отдел департамента уголовного розыска выясняет, что "Нарушители мира" были заинтересованы в исследовании доктора Стронской, известном как "Документ Стронской". Для совместного расследования с Департаментом поведенческих расследований создается команда, в которую входит Шинья Когами, бывший беглец из Бюро общественной безопасности. С помощью Дзёдзи Сайги, последнего, кто общался с доктором Стронской, команда отправляется в Дэдзиму для получения документа. Аканэ и Когами оказываются втянуты в крупное дело, связанное с "Документом Стронской".

Скрытая правда, способная потрясти японское правительство и систему "Сибилла", готовится к раскрытию. Эта история становится связующим звеном между "Психопаспорт: Грешники системы — По ту сторону царства" и "Психо-Пасс 3". В центре событий — тайна, которая может изменить судьбу не только отдельных героев, но и всей системы "Сибилла". Аканэ и Когами столкнутся с вызовами, которые заставят их переосмыслить свои ценности и цели.