Полнометражный фильм, продолжающий историю Харухи Судзимии, лидера команды SOS, которая без ума от паранормальных явлений и тайн. Наступает декабрь, а это значит, что Рождество уже совсем близко. Харухи объявляет, что клуб проведёт праздничный ужин в своей комнате, и все члены команды начинают готовиться к этому событию по-своему. Обычная суета перед праздником, но Кён чувствует, что что-то не так.

Кён пытается поговорить с Танигути, но обнаруживает, что тот совершенно не помнит их вчерашнего разговора. Судзимия внезапно перестала ходить в школу, а Рёко Асакура, которая казалась мёртвой, теперь сидит на её месте, словно ничего не произошло. Микуру ведёт себя так, будто она никогда не знала Кёна, а Нагато предстаёт обычной девушкой, единственным членом литературного клуба. Все эти странности наводят Кёна на мысль, что ни клуб SOS, ни команда, ни сама Харухи никогда не существовали.

Кён начинает понимать, что мир, в котором он живёт, не такой, каким казался. Все вокруг ведут себя так, будто ничего не происходит, но Кён чувствует, что за этим скрывается что-то гораздо более тёмное и загадочное. Он решает разобраться в происходящем, но каждый шаг только углубляет его в пучину загадок и тайн, которые угрожают разрушить всё, во что он верил.