Действия аниме "Улисс: Жанна Д'Арк и рыцарь-алхимик" разворачиваются в бурное время XV века, когда Франция и Англия находятся в состоянии непрекращающейся войны. Главный герой, аристократ по имени Монморанси, решает посвятить свою жизнь изучению магии и поступает в элитное учебное заведение для рыцарей. Там он постигает тайны алхимии и волшебства, но судьба преподносит ему тяжелый урок: во время одного из сражений французская армия терпит поражение, и школа, где он учился, расформировывается. Это событие заставляет Монморанси покинуть стены учебного заведения и отправиться в путешествие, оставляя позади свою прежнюю жизнь.

Бегство становится единственным выходом для юного алхимика, который боится преследований со стороны английских солдат. В его пути встречается девушка по имени Жанна, чья судьба оказывается тесно связана с его собственной. До этого Монморанси избегал близких контактов с людьми, обвиняемый в колдовстве и не имевший возможности остановиться надолго в одном месте. Но встреча с Жанной меняет всё: теперь он решает быть рядом с ней, разделяя её судьбу. Вместе им предстоит пройти через множество испытаний, столкнувшись с собственными страхами и преодолевая преграды, которые ставят на их пути.

В этом путешествии Монморанси и Жанна сталкиваются с опасностями, которые превращают их жизнь в непрекращающуюся борьбу за выживание. Каждый шаг на их пути — это вызов, каждый новый день — это битва за свою судьбу. Что же ждет их впереди? Какие тайны скрываются в глубинах их прошлого и будущего? "Улисс: Жанна Д'Арк и рыцарь-алхимик" — это история о дружбе, верности и невероятной храбрости, которая заставляет героев идти вперед, несмотря ни на что.