Жизнь Такаши Нацумэ продолжает быть переплетением человеческих и ёкайских судеб. Однажды он неожиданно встречает своего давнего друга Юки [結城 大輔]. Эта встреча пробуждает в юноше мучительные воспоминания о неком ёкае, которые он старался забыть. Однако, встреча со старой подругой бабушки — Йориэ Цумурой [津村 容莉枝], приносит Нацумэ не только новые знания, но и помогает ему снять тяжелое бремя прошлого. Вместе с Йориэ, Нацумэ начинает понимать, что прошлое не всегда должно быть тяжким грузом, а может стать источником силы и мудрости.

Однако, мир Нацумэ снова оказывается под угрозой, когда таинственное семя ёкая попадает в сад семьи Фудживара. За одну ночь оно прорастает во фруктовое дерево, плод которого съедает Нянко [斑]. Это событие приводит к неожиданному и тревожному повороту: телохранитель Нацумэ, который всегда был его опорой, внезапно распадается на три части. Теперь Нацумэ должен не только разобраться в тайнах прошлого, но и найти способ спасти своего верного друга и защитника.

В этом новом повороте сюжета, Нацумэ понимает, что его путешествие по миру ёкаев и людей еще далеко не закончено. Он должен научиться видеть связь между прошлым и настоящим, чтобы найти ответы на свои вопросы и спасти тех, кого он любит. Вместе с Йориэ и Нянко, Нацумэ отправляется в новое приключение, полностью меняющее его представления о мире и о себе самом. Это путешествие становится не только борьбой за выживание, но и поиском истины и самопознания.