Сотни лет спустя после XX века, мир погрузился в хаос. Использование ядерного и биологического оружия привело к катастрофическому разрушению природы и экосистемы. Большая часть Земли оказалась заражена, и планета медленно разрушается. Многие виды растений и животных исчезли, а человечество столкнулось с шестой массовой вымиранием.

В попытке спастись от гибели, люди построили города в небе, перемещая туда исчезающие виды животных и растений. В изолированных городах-насестах, благодаря искусственному генетическому скрещиванию, животные эволюционировали. Они обрели речь, прямоходячесть и создали собственную цивилизацию, свободную от нужды. Мир под облаками забыл о земле, которая когда-то была их домом.

Однажды в одном из небесных городов случайно оказывается семя растения. Трое друзей — Куи, Хирума и Рут — находят его. Не выдержав искушения, они решают отправиться в опасное путешествие за пределы города. Но они не знают, что, ступив на землю, они никогда не смогут вернуться домой. Это путешествие навсегда изменит их жизнь и мир, который они знали.