Анна Сасаки — тихая и замкнутая девочка, которая никогда не знала дружбы. Она живёт с приёмными родителями, страдая от астмы, но находит утешение в рисовании. Однажды Анна переезжает в провинциальный городок, чтобы погостить у родственников своей приёмной матери, Киёмасы и Сэцу Оива. Внешне всё выглядит обычно и спокойно, но Анна чувствует, что здесь ей предстоит пережить нечто особенное.

В городке Анна замечает загадочное поместье «Дом на отмели», которое кажется ей таинственным и манящим. Однажды она встречает там Марни — девочку, живущую в этом доме. Анна и Марни быстро становятся подругами, но неожиданно Марни исчезает, а дом покупает новая семья — Саяки. Анна оказывается втянута в тайны, которые скрываются за стенами этого дома, и начинает понимать, что история Марни далеко не так проста, как казалось.

Анна начинает расследование, пытаясь разгадать тайну Марни и её прошлого. В процессе она узнаёт о странных событиях, которые происходили в «Доме на отмели», и о том, что Марни, возможно, не та, кем казалась. Анна погружается в мир мистики и загадок, сталкиваясь с чем-то, что выходит за рамки обыденного. В этом путешествии она не только раскрывает тайну Марни, но и находит в себе силы, чтобы изменить свою жизнь и открыться миру.