В центре сюжета аниме "Коккури-сан" стоит юная девочка по имени Кохина Итимацу, чья одиночество и необычный образ жизни привлекают внимание духа низкого ранга — Коккури-сана. Однажды, играя в традиционную японскую игру, Кохина случайно вызывает Коккури-сана, который, на первый взгляд, должен был стать ее проклятием. Однако, вместо того чтобы пугать девочку, Коккури-сан обнаруживает в ней нечто особенное и решает остаться, чтобы присматривать за ней.

Коккури-сан, с его длинными серебристыми волосами и невероятной красотой, изначально представлялся как классический дух-пугало. Однако, по мере того как он узнает больше о Кохине, его отношение меняется. Он начинает беспокоиться о ее здоровье и благополучии, особенно когда замечает, что девочка питается исключительно раменом. Этот момент становится поворотным в их отношениях, превращая Коккури-сана из потенциального врага в заботливого опекуна.

Вместе они проходят через множество забавных и трогательных моментов, формируя нечто большее, чем просто связь между человеком и духом. Коккури-сан становится для Кохины не только защитником, но и другом, который помогает ей справиться с одиночеством и найти свой путь в мире, полным тайн и чудес. "Коккури-сан" — это история о дружбе, заботе и том, как иногда самые неожиданные существа могут стать для нас самыми близкими.