В центре сюжета аниме находится Мати Амаядори, юная ученица средней школы, которая не только проводит свои дни в учебе, но и выполняет важную роль жрицы медвежьего бога. Её жизнь тесно связана с храмом, где она служит, и с медведем по имени Нацу, который обитает в глубинах гор Тохоку. Нацу — не просто зверь, а говорящий медведь, который является опекуном и защитником Мати. Вместе они проходят через множество приключений, связанных с их уникальным положением в мире.

Мати, стремясь к новым знаниям и опыту, решает отправиться в городскую школу, чтобы попробовать себя в обычной жизни. Это решение не только меняет её собственный путь, но и ставит перед Нацу новые задачи. Он даёт ей ценные советы и указания, которые помогут ей адаптироваться к городской среде, сохранив при этом свою связь с храмом и божеством. Вместе они сталкиваются с культурными различиями, новыми друзьями и врагами, а также с тем, как совместить древние традиции с современностью.

Аниме "Мати и Нацу" — это история о росте и самооткрытии, о том, как одна девочка пытается найти баланс между своей родовой обязанностью и желанием жить полной жизнью. Вместе с Нацу она учится разбираться в сложных человеческих эмоциях, строить отношения и принимать важные решения. Этот дуэт, состоящий из юного жреца и мудрого медведя, проходит через множество испытаний, которые делают их связь ещё крепче, а их путешествие — по-настоящему захватывающим.