После 20 000 лет путешествия через космос, Харуо Сакаки возвращается на Землю, чтобы обнаружить, что планета преобразилась до неузнаваемости. Земля, которую он знал, превратилась в мир, где флора и фауна подчинены могуществу Годзиллы, гигантского монстра высотой 300 метров. Этот новый мир, управляемый Годзиллой, стал планетой-монстром, где человечество находится на грани вымирания. Харуо, один из последних представителей человечества, осознает, что его миссия — победить Годзиллу и вернуть Землю людям.

В поисках способов борьбы с Годзиллой, Харуо встречает племя Хутуа, потомков древних землян. Сёстры-близнецы Маина и Миана, вожди племени, ведут его к древним руинам, где скрывается Меха-Годзилла — древнее оружие, способное противостоять монстру. Меха-Годзилла, превратившись в самогенерирующийся нанометалл, хранит в себе мощь, которая может изменить ход битвы. Харуо понимает, что для победы над Годзиллой ему нужно активировать это древнее оружие и использовать его против монстра.

В процессе своего путешествия, Харуо обнаруживает целый Город Меха-Годзиллы, созданный нанометаллом за тысячелетия. Этот город, полноценный и самодостаточный, становится ключом к победе над Годзиллой. Харуо, объединившись с Маиной и Мианой, готовится к финальной битве, где они должны использовать всю мощь Меха-Годзиллы, чтобы спасти человечество от гибели. В этой схватке за судьбу Земли, Харуо понимает, что его сила — не только в оружии, но и в единстве с теми, кто верит в его миссию.