Действие фильма разворачивается сразу после завершения строительства космического лифта «Эндимион» в Академия-Сити. Главный герой, Томо Камидзё, и его друг Индекс, случайно сталкиваются с Арисой Мэйго, эспером нулевого уровня. Несмотря на её отсутствие магических способностей, Арису преследует «Ассоциация магов», которая неожиданно нападает на Академия-Сити. Чтобы защитить город от этой угрозы, формируется движение сопротивления, возглавляемое Шатаурой Секвенция.

По мере развития сюжета, главные герои узнают от Стэйла Магнуса, что Арису могут использовать как ключевую фигуру в разжигании войны между миром Магии и миром Науки. Это открытие ставит под угрозу не только безопасность Академия-Сити, но и жизни всех его жителей. Томо и его друзья решают встать на защиту Арису, чтобы предотвратить катастрофу и разобраться в загадочных обстоятельствах, связанных с её судьбой.

В ходе поиска правды, Томо и его команда сталкиваются с множеством препятствий и опасностей. Они вынуждены противостоять не только «Ассоциации магов», но и другим силам, которые тайно манипулируют событиями. Вместе с Арисой они отправляются в путешествие, полный интриг, сражений и открытий, чтобы раскрыть тайны, которые могут изменить судьбу двух миров. Фильм захватывает зрителя напряженными сценами и неожиданными поворотами, показывая, как дружба и смелость могут изменить ход истории.