Действие аниме разворачивается в вымышленном городе Академия-Сити, расположенном на западе от столицы Японии. Этот город, наполненный передовыми технологиями и магией, привлекает множество экспертов со всего мира. Главный герой, Тому, является учеником Академии и обладает уникальной способностью — его правая рука способна разрушать любые магические заклинания. Каждый раз, когда его рука касается магии, она мгновенно рассеивается, что приводит к непредсказуемым последствиям.

Однажды Тому случайно оказывается на балконе, где видит девушку, одетую в одеяния монахини и сидящую на перилах. Она представилась как Индекс, монашка из секретного магического отделения, контролируемого английской церковью. Индекс обладает уникальной памятью, в которой хранятся запрещенные церковью книги. Встреча с ней активирует способность Тому, и начинается борьба между магией и технологиями, в которой невозможно предсказать исход.

Конфликт между экспертами и магами приводит к полной неразберихе, где каждый стремится доказать свою правоту. Никто не знает, кто станет победителем в этой схватке. Тому и Индекс оказываются в центре событий, и их судьба тесно связана с будущим Академия-Сити. Чтобы узнать, как все закончится, необходимо досмотреть аниме до конца, ведь каждый поворот сюжета несет в себе неожиданности и интригу.