В далеком будущем Япония столкнулась с ужасной катастрофой, вызванной экспериментами по созданию искусственных организмов. Один из таких экспериментов, известный как "Взрыв", привел к утечке опасной субстанции под названием "Материя", которая вскоре охватила Куробское ущелье. Город, который когда-то был центром научного прогресса, превратился в опасную зону, закрытую для внешнего мира. Две тысячи лет спустя пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая семью в результате этой трагедии, узнает, что её судьба тесно связана с событиями того рокового дня.

Неожиданная встреча с таинственным учеником Юи Кандзаки заставляет Айко переосмыслить произошедшее. Юи раскрывает ей шокирующую правду: "Взрыв" был не случайным, а результатом скрытых экспериментов, и в её теле скрыт ключ к разгадке этого бедствия. Он объясняет, что источник трагедии находится в "Первичной Точке" — месте, где все началось. Юи предлагает Айко отправиться туда, чтобы выяснить истинную природу "Материи" и понять, что на самом деле произошло.

Для реализации этого опасного плана им потребуется помощь отряда дайверов — людей, способных перемещаться по зараженной зоне благодаря специальным органическим костюмам, которые обеспечивают защиту от смертельной среды "Материи". Айко и Юи отправляются в путешествие, полный опасностей и открытий, чтобы раскрыть тайны прошлого и предотвратить будущие катастрофы. Вместе они сталкиваются с монстрами, загадками и собственными страхами, постепенно приближаясь к истине, которая может изменить их мир навсегда.