Действие аниме происходит на далекой планете Гифт, где в недрах земли добываются уникальные синие кристаллы, известные как гифдиумы. В одном из шахтерских городков, Сад Индиго, живет молодой человек по имени Амаги Сого. Его страсть — поиск редких кристаллов, и он проводит много времени в поисках новых экземпляров. Однажды, участвуя в беспорядках вместе со своими друзьями Каон, Романом и Отто, Сого теряется и оказывается в заброшенных руинах города.

В глубине руин Сого находит таинственное озеро, окутанное туманом. Внезапно, он встречает девушку с необычными голубыми волосами и красными глазами. Эта встреча становится поворотным моментом в его жизни, открывая перед ним мир магии и тайн. Девушка, чье имя остается загадкой, приглашает Сого в путешествие, полностью изменившее его представления о мире. Вместе они отправляются в увлекательное приключение, наполненное опасностями и неожиданными открытиями.

В ходе своего путешествия Сого и его новый друг сталкиваются с различными противниками и решают сложные головоломки, связанные с гифдиумами. Они узнают о древних легендах и тайнах, скрытых в недрах планеты Гифт. Каждый шаг на их пути приближает их к разгадке тайны, которая может изменить судьбу всего мира. "Гифт: Легенда о кристаллах" — это история о дружбе, отваге и стремлении к знаниям, которая увлечет вас с первых минут просмотра.