В основе сюжета аниме лежит история непоседливого четырёхлетнего мальчика по имени Кун Ота, который живёт скромной жизнью на окраине города вместе со своей семьёй. Вселенная, созданная авторами, полна невинных проявлений детской непосредственности и неожиданных поворотов. Когда в семье появляется маленькая сестрёнка Мирай, Кун впервые сталкивается с чувством ревности и неловкости. Он начинает думать, что родители теперь уделяют ей всё своё внимание и любовь, что вызывает у него сильное смущение и тревогу.

Однажды, исследуя окружающий мир, Кун попадает в таинственный сад, где его ждёт неожиданная встреча. Там он встречает свою сестру Мирай, но не в обычном детском обличье, а в образе взрослой девушки из будущего. Эта встреча становится поворотным моментом в жизни Куна, открывая перед ним новые горизонты и возможности. Вместе с Мирай из будущего они начинают удивительное путешествие, полностью меняющее их восприятие мира и отношений.

В ходе своих приключений Кун и Мирай из будущего сталкиваются с различными испытаниями и задачами, которые заставляют их расти и развиваться. Эти испытания не только укрепляют их связь, но и помогают Кун понять ценность семьи и важность поддержки близких. Аниме "Мирай из будущего" не просто рассказывает о приключениях двух детей, но и погружает зрителя в мир детской фантазии и взрослых переживаний, создавая неповторимый и трогательный сюжет.