Прошло три года с тех пор, как «Ямато» вернулся с далекой планеты Искандер. Земля, наконец, освободилась от тирании Космореверс и заключила мирный договор с Гамилусом. В этот период был создан новый оборонный флот, включающий в себя передовой броненосец «Андромеда». Несмотря на все усилия Старши, Земля продолжает двигаться по пути военной экспансии. «Ямато», хоть и помогает на пути к миру, но цена этого мира слишком высока — слишком много жизней теряется в этом бесконечном круговороте войны.

Тем временем, богиня Тереза, которая молится о спокойствии во вселенной, обращается к «Ямато» с призывом к новому плаванию. Её голос проникает сквозь тьму и хаос, напоминая о том, что судьба человечества висит на волоске. Угроза со стороны Гатлантиса, древней и могущественной силы, растет с каждым днем, охватывая вселенную и приближаясь к Земле. «Ямато», корабль, который видел столько войн и разрушений, теперь должен вновь встать на защиту своей планеты.

Новое плавание «Ямато» несет в себе не только опасности, но и надежды. Надежда на то, что этот раз война закончится раз и навсегда, и что мир, который так долго искали, наконец, будет достигнут. Однако, путь к этому миру усеян трупами и слезами, и каждый шаг «Ямато» на этом пути — это борьба за будущее, которое может никогда не наступить. В этом хаосе и разрушении «Ямато» и его команда должны найти силы, чтобы продолжать двигаться вперед, навстречу неизведанному и опасному будущему.