После долгих и кровопролитных столкновений между людьми и разумными машинами, известными как «механоиды», наступил момент перемирия. Земля, когда-то родина человечества, почти полностью оказалась под контролем механоидов. Однако, несмотря на это, обе стороны, хоть и с неохотой, согласились на временное прекращение огня, чтобы избежать полного уничтожения.

Зеро, бывший адмирал человеческого флота в Великой Галактической войне, теперь служит капитаном небольшого буксирного судна. Несмотря на личные потери, включая семью, погибшую на войне, он продолжает свою борьбу за Землю. Во время одного из рейсов его корабль подвергается нападению со стороны таинственного пиратского судна, прозванного «Тенью смерти». Несмотря на героическую оборону, Зеро терпит поражение, но это лишь начало его новой судьбы.

Командование назначает Зеро миссию, которая становится для него личным испытанием: захватить легендарного пирата капитана Харлока, который, как выяснилось, и стоял за атакой на его корабль. Под флагом Независимого Флота, вместе с бывшим военным линкором «Кария» и разношёрстной командой, состоящей из механоидов и людей, Зеро отправляется в опасное путешествие по галактике. Его цель — найти и остановить Харлока, чья репутация распространяется на всю Вселенную, но этот путь будет полон неожиданностей и испытаний.