В мире, где человечество столкнулось с угрозой уничтожения от инопланетных захватчиков под названием Зентреди, флот колонизационных кораблей отправляется в далёкий космос с целью спасения своего вида. Один из таких флотов, известный как «Макросс Фронтир», становится ареной для молодого старшеклассника Саотомэ Альто. Его жизнь кардинально меняется, когда флот неожиданно подвергается нападению неизвестных существ прямо во время концерта популярной поп-звезды Шерил Ноум.

В хаосе атаки Альто сталкивается с Ранку Ли, талантливой девушкой, которую он только что встретил. Когда разрушение охватывает корабль, у него нет другого выбора, кроме как занять место погибшего пилота в кабине передового боевого юнита. Его действия в критический момент не остаются незамеченными. Частная военная компания «S.M.S. Skull Squadron», отметив его храбрость, предлагает ему место в своих рядах.

Так начинается путь Альто, который теперь должен защищать не только своих новых друзей, но и весь флот «Макросс Фронтир». В этом мире, где музыка, любовь и борьба за выживание переплетаются, он становится ключевой фигурой в противостоянии с Зентреди. Его история — это не только битвы в космосе, но и личный рост, наполненный сложными решениями и неожиданными встречами.