Спустя семь месяцев после завершения Одногодичной войны, бывшее Герцогство Зион преобразовалось в Республику Зион и продолжило борьбу за свою независимость. В самые последние дни конфликта, Дэрил Лоренц пилотировал мощного мобильного воина «Психо-Заку» в секторе «Удар молнии», где их флот столкнулся с невероятной мощью Братства Мур. В результате ожесточённого сражения, флот Зиона был почти полностью уничтожен, а «Психо-Заку» оказался в руинах.

После потери своего мобильного воина, Дэрил принимает решение отправиться на Землю. Его цель — собрать информацию о тайной военной группировке Альянса Южных морей, которая является частью Земной Федерации. Дэрил надеется, что эти сведения помогут Республике Зион в её дальнейшей борьбе за свободу и независимость. В это же время, его бывший противник Ио Флеминг получает приказ от командования.

Ио, который в прошлом противостоял Дэрилу, теперь выбран для пилотирования новейшего прототипа мобильного воина — «Атлас Гандам». Его миссия — следовать за Дэрилом на Землю и предотвратить любые попытки Республики Зион получить информацию о Альянсе Южных морей. Таким образом, два бывших врага оказываются вновь на пути друг к другу, но на этот раз в совершенно иной обстановке. Их противостояние приобретает новый смысл, ведь победа теперь зависит не только от их навыков пилотирования, но и от способности разгадать тайны, которые таят в себе Земля.