В далеком будущем Япония столкнулась с угрозой глобальной катастрофы, вызванной экспериментами в области создания искусственных организмов. Один из таких экспериментов, связанный с опасной субстанцией под названием "Материя", привел к трагедии, известной как "Взрыв". Это событие не только разрушило Куробское ущелье, но и превратило его в закрытую зону, запрещенную для входа. Город, который когда-то был символом научного прогресса, теперь представлял собой опасную территорию, поглощенную загадочной субстанцией.

Прошло два года, и пятнадцатилетняя Айко Татибана, потерявшая семью во время Взрыва, сталкивается с шокирующей правдой. Она узнает, что её жизнь тесно связана с теми событиями. Таинственный ученик Юи Кандзаки раскрывает ей, что инцидент был не случайным, а результатом засекреченных исследований. Более того, Айко оказывается ключевой фигурой в разгадке тайны Материи. Юи убеждает её, что источник всех проблем скрыт в "Первичной Точке" — месте, где всё началось.

Для того чтобы раскрыть правду, Айко и Юи решают отправиться в опасную зону, но для этого им потребуется помощь отряда дайверов. Эти люди, облаченные в специальные органические костюмы, способны перемещаться по зараженной территории, защищаясь от смертельной среды Материи. Опасное путешествие в Первичную Точку становится для Айко не только возможностью узнать правду о своей семье, но и шансом предотвратить новые катастрофы, связанные с Материей.