Действие аниме начинается сразу после событий первого сезона «[anime=552]Приключений Дигимонов[/anime]». Главные герои, дети-«избранные», возвращаются к своей повседневной жизни: посещают школу, заводят новые знакомства и проводят время с друзьями. Однако их мир в одночасье переворачивается, когда в сети появляется необычное яйцо дигимона, полностью состоящее из ошибок и сбоев. Это событие не остаётся незамеченным, и Косиро, один из главных персонажей, сразу же понимает, что что-то серьёзное происходит.

Вместе с другом Таити они начинают расследование, пытаясь выяснить, что же именно происходит в сети. Однако всё становится ещё сложнее, когда из яйца появляется дигимон, который начинает поглощать данные из Интернета. Его действия приводят к глобальным сбоям в работе компьютерных систем, что грозит полным хаосом не только в виртуальном, но и в реальном мире. Герои понимают, что их задача стала куда серьёзнее, чем они могли представить.

Теперь «избранным» детям предстоит не только остановить дигимона, но и спасти весь мир от разрушительных последствий его действий. Они вновь объединяются, чтобы противостоять новой угрозе, используя свои знания, дружбу и силы своих дигимонов. Сюжет переплетается с эмоциональными моментами, где дети сталкиваются с выбором, который может изменить не только их жизни, но и судьбу всего мира. Так начинается новая глава их приключений, полных опасностей и неожиданных поворотов.