После освобождения от должности в 501-м секретном отделе, Мотоко Кусанаги [草薙 素子] теперь подчиняется приказам Дайсукэ Арамаки [荒巻 大輔]. Внезапно, искусственный интеллект Логикомы [ロジコマ] подвергается взлому, и Бато [バトー] приступает к формированию команды для расследования этого инцидента. Он обращается за помощью к бывшему армейскому офицеру разведки Исикаве [イシカワ] и эксперту по взрывчатке и диверсиям Боме [ボーマ]. Кусанаги также стремится привлечь к делу снайпера Сайто [サイト] и тайного агента Падзу [パズ].

Девятый отдел, во главе с Арамаки, готовится к новой операции. Команда, собранная Бато, должна раскрыть загадочный взлом Логикомы и предотвратить возможные последствия. Каждый член команды обладает уникальными навыками, необходимыми для успешного расследования. Исикава привносит в команду опыт разведки, Бома — знания о взрывчатых веществах, Сайто — меткость снайпера, а Падзу — навыки тайного агента. Вместе они должны противостоять неизвестной угрозе.

В процессе расследования команда сталкивается с множеством сложностей и опасностей. Взлом Логикомы — не просто технический сбой, а часть более крупной и запутанной интриги. Каждый шаг команды пропитан напряжением и неожиданностями. Арамаки и Кусанаги руководят операциями, стараясь не упустить ни одной детали. В конечном итоге, успех зависит от слаженной работы всех членов команды, каждый из которых вносит свой вклад в раскрытие тайны взлома Логикомы.