Однажды маленький мальчик по имени Соскэ спасает маленькую золотую рыбку, которую он называет Поньо. Соскэ заботится о ней, но вскоре начинает замечать, что эта рыбка — нечто большее, чем кажется на первый взгляд. Странные события происходят вокруг неё, и всё становится ещё загадочнее, когда появляется отец Поньо — могущественный волшебник, живущий в морских глубинах. Отец, несмотря на протесты Соскэ, забирает Поньо обратно в океан, оставляя мальчика с вопросами и воспоминаниями.

Поньо, оказавшись в заточении, начинает мечтать о том, чтобы стать человеком. Её желание становится настолько сильным, что нарушает хрупкий баланс природы. Это приводит к катастрофическим последствиям: на поверхность земли обрушивается огромное цунами, грозящее уничтожить всё на своём пути. Люди оказываются в панике, и единственный способ предотвратить катастрофу — это найти способ умиротворить природу и исполнить мечту Поньо.

Только мать Поньо, великая морская богиня, способна восстановить равновесие. Она вмешивается, чтобы помочь своей дочери и спасти мир от разрушения. В этой истории переплетаются темы дружбы, желания и борьбы за гармонию между человеком и природой. Соскэ и Поньо сталкиваются с невероятными испытаниями, но их связь помогает преодолеть все преграды. История заканчивается надеждой и уроком о том, что истинная сила заключается в понимании и уважении друг друга.