Гауны — инопланетные существа, представляющие собой ужасную угрозу для человечества. В поисках убежища от этих кошмарных врагов, люди отправились в глубины космоса на корабле «Сидония». Несмотря на доблесть рыцарей-пилотов, защищающих корабль, победа над Гаунами кажется все более недостижимой. Нагатэ Таникадзэ, один из самых талантливых пилотов, понимает, что враг неумолимо приближается к победе. С каждым днем товарищи гибнут, а новое оружие оказывается бесполезным против Гаунов. Без кардинальных изменений, человечество обречено.

В отчаянии военные и ученые решают создать химеру, смешав забытые знания прошлого с технологиями будущего. Так появляется Цумуги Сирауи — существо с телом Гауна и человеческой душой. Цумуги становится неотъемлемой частью борьбы, помогая защищать «Сидонию» в самых критических ситуациях. Однако, не все принимают её появление. Некоторые видят в ней лишь угрозу, а другие — последний шанс на спасение.

Тем временем, путь к новому дому для землян усложняется с каждым шагом. Препятствия возникают на каждом повороте, и кажется, что надежды на светлое будущее становятся все более туманными. Но Нагатэ и его товарищи не сдаются. Они знают, что только отчаянные действия могут изменить ход событий. Вместе с Цумуги они готовы бросить вызов судьбе и найти способ победить Гаунов, чтобы обеспечить будущее для всего человечества.