Человечество столкнулось с катастрофой, когда негуманоидная раса под названием Гауна почти полностью истребила человечество. Выжившие люди бежали с Земли на огромных космических кораблях, таких как «Сидония», в поисках нового дома. Корабли время от времени останавливались для пополнения запасов, но угроза нападения Гауны всегда была нависающей над ними. Ученые разработали специальные средства для борьбы с этой угрозой, а военные освоили их, готовясь к неизбежной битве.

Нагатэ Таникадзэ провел всю свою жизнь на нижних уровнях одного из космических кораблей, изолированный от общества. Его единственным спутником был Хироки Сайто, который называл себя дедом Нагатэ. Смерть Сайто и голод вынудили Нагатэ покинуть свое убежище. Теперь, благодаря навыкам пилотирования, которые он приобрел на старом имитационном тренажере, он становится ключевой фигурой в борьбе против Гауны.

Фильм является сокращенной версией TV-сериала, предлагая зрителям более сжатый и динамичный сюжет. Нагатэ, вынужденный покинуть свою изоляцию, должен быстро адаптироваться к новой реальности и проявить свои уникальные способности в битве за выживание человечества. Его путешествие становится не только борьбой за жизнь, но и поиском своего места в мире, где каждый момент на счету.