«Научный Рейлган: Акселератор» — это спин-офф, посвященный самому сильному эсперу Академии-Сити, известному как Акселератор. В мире, где миллионы магов и эсперов сосуществуют в волшебном городе, лишь семеро достигли пятого уровня силы, и Аксель — один из них. История начинается с того, как он восстанавливает свои силы после тяжелого ранения, полученного при спасении девочки по имени «Последний заказ». Однако, будучи самым могущественным, он не может просто отдохнуть. Враги не дремлют, и Акселератор вскоре оказывается втянут в новое приключение, связанное с таинственной девушкой, у которой есть фотография юного клона Мисако.

Ситуация усложняется, когда выясняется, что похищение девушки Эстель Розенталь связано с зловещей организацией под названием «Дисциплинарное Наказание» (ДН). Эта группа считает себя хранителями правосудия и видит эсперов как зло, которое необходимо искоренить. Для этого они используют уникальное оружие — мертвых магов, заключенных в роботизированные скафандры. Сообщество ДН уже начало свою кампанию, и теперь спасти Академию-Сити может только самый сильный эспер, несмотря на его отрицание своей героической сути.

В этом спин-оффе зрители увидят, как Акселератор, несмотря на свою жестокость и цинизм, постепенно начинает понимать ценность жизни и дружбы. Его путешествие показывает, что даже самый одинокий и ненавистный эспер может найти свое место в мире, полностью изменив свою жизнь. «Научный Рейлган: Акселератор» — это не просто история о силе, но и о том, как один человек может измениться и найти свою цель, даже если это противоречит всем его убеждениям.