Действие аниме разворачивается в далеком будущем, где человечество уже активно осваивает космическое пространство. После кровавой войны с инопланетной расой Зентради мирное сосуществование с другими цивилизациями стало главной целью человечества. Главный герой, Алто Сайянаги, юноша с мечтой стать звездным певцом и путешествовать по галактике. Его жизнь кардинально меняется, когда он встречает Шерил Ном, популярную певицу, которая прибывает на колонию Макросс Фронтир для концерта. Эта встреча становится началом не только романтической истории, но и эпического противостояния.

Вскоре после концерта колония подвергается внезапной атаке неизвестных космических кораблей. Алто и его друзья оказываются втянуты в битву за выживание человечества. В этот момент они знакомятся с Ранкой Ли, девушкой с уникальными способностями, которые могут изменить ход войны. Её пение обладает невероятной силой, способной влиять на ход сражений. Вместе с Шерил, Ранкой и другими союзниками Алто становится частью космического конфликта, где каждый выбор может стать роковым.

В ходе сюжета Алто сталкивается с тяжелыми испытаниями, вынужденными делать сложные решения, связанные с его прошлым и будущим. Его чувства к Шерил и Ранке становятся еще более запутанными, однако он понимает, что главное — это защита своей родины. Благодаря своей решимости, мужеству и поддержке друзей, Алто помогает победить врага и восстановить мир в галактике. Аниме становится яркой историей о любви, музыке и героизме, показывающей, как сильно человек способен на самопожертвование ради тех, кого он любит.