Действие аниме разворачивается в Академия-Сити, современном городе, расположенном на западе от Токио, где сосредоточены передовые технологии и исследования. Здесь живут и обучаются эсперы — люди с уникальными способностями, полученными благодаря научным экспериментам. Однако в этом мире, где наука доминирует, магические традиции также нашли своё место. Главный герой, Тома Камидзё, — обычный ученик Академия-Сити, но его правая рука обладает особой силой, известной как «разрушитель воображения». Эта способность позволяет ему нейтрализовать любую магию или сверхъестественную силу, с которой он сталкивается, включая даже его собственную удачу.

Однажды Тома обнаруживает на балконе своей квартиры девушку в монашеской одежде. Это Индекс, монахиня из тайной магической организации Церкви Англии, известной как Несессариус. В её памяти заключено 103000 запрещённых церковью книг, содержащих древние и опасные знания. Эта встреча становится поворотным моментом в жизни Тома, поскольку она втягивает его в мир магии и интриг, где его уникальная способность оказывается крайне полезной. Индекс становится его спутницей, и вместе они оказываются в центре противостояния между магами и эсперами, каждый из которых преследует свои цели.

С этого момента жизнь Тома превращается в череду приключений, где он сталкивается с различными противниками, как магическими, так и научными. Его рука, способная разрушать любую силу, становится ключом к разрешению множества конфликтов. Вместе с Индекс он пытается разобраться в тайнах, скрытых в запрещённых книгах, и защитить Академия-Сити от угроз, исходящих как из мира магии, так и из мира науки. Это путешествие становится не только борьбой за выживание, но и поиском истины о природе магии, эсперов и самого себя.